Muzeum Historii Torunia mieści się w XIV-wiecznym Domu Eskenów i oferuje nowoczesną, interaktywną wystawę „Toruń i jego historia”. Ekspozycja prowadzi przez dzieje miasta – od czasów prahistorycznych po współczesność – ukazując życie codzienne torunian i najważniejsze wydarzenia z historii regionu.

Na parterze zaprezentowano Toruń średniowieczny – hanzeatyckie miasto kupców i rzemieślników – oraz początki jego rozwoju pod panowaniem krzyżackim. Pierwsze piętro poświęcone jest epoce nowożytnej: można tu zobaczyć broń, stroje, dokumenty, monety i multimedialne prezentacje o dzwonie Tuba Dei czy wojnach polsko-szwedzkich. Kolejna część wystawy obejmuje czasy zaborów i budowy toruńskiej twierdzy, z mapami i planami wyświetlanymi na stole sztabowym.

Drugie piętro przedstawia XX wiek – od odzyskania niepodległości, przez okres międzywojenny, po II wojnę światową, w której szczególnym eksponatem jest oryginalna maszyna szyfrująca Enigma. Wystawa kończy się częścią poświęconą czasom PRL-u, prezentującą ówczesny design, kulturę, sport i życie codzienne mieszkańców.

Dodatkową atrakcją jest film 3D „Księga Toruń” oraz piwnica edukacyjna z interaktywnymi grami i filmami, która w przystępny sposób przybliża historię miasta najmłodszym zwiedzającym.